A sikeres Playstation játék, a Final Fantasy VII. történetét folytató filmben két év telt el azóta, hogy Midgar romjai a béke megteremtéséért hozott áldozatok örök mementójaként állnak. A világra azonban hamarosan új veszedelem leselkedik: egy viharos gyorsasággal terjedõ rejtélyes betegség. A régi ellenségek is megélénkülnek, így Cloud, aki megannyi hõstett után visszavonult, és a magányos életet választotta, ismét színre kell hogy lépjen - ezúttal ebben az egész estés filmben!

Tom, a nagyjából 12 éves parasztfiú szegényes körülmények között éldegél a falu szélén kettesben anyjával. Kicsit butuska, de tele van életkedvvel. Egy nap barátjával, egy beszélő és rendkívül okos kutyával, Crosby-val bemegy a faluba, hogy eladja az utolsó tehenet. Útközben találkozik egy különös emberrel, aki egy varázsorgonán játszik és cserébe a tehénért egy maroknyi varázsbabot ajánl neki. Tom elveszi a babokat és hazaérve anyja csúnyán lehordja. Kidobja a számára értéktelennek tűnő babokat az ablakon. Éjszaka elkezdenek nőni a varázsbabok egészen az égig. Egy kis egérke csúszik le a babokról, és segítséget kér Tom-tól és Crosby-tól. Felmászva a felhő királyságban találják magukat, ahol a gonosz boszorkány, Madame Noir és a hatalmas szörny fia, Tulpe akarják magukhoz ragadni a hatalmat, valamint egy házasság készülődik Tulpe és a megölt szülei óta elvarázsolt tündérhercegnő, Margareta között, aki az utolsó túlélője a tündérkirályságnak.

Mewtwo egy, tudósok által előállított klón. A Mew felerősített klónja, és egyben a világ legerősebb Pokémonja. Rengeteg sikertelen próbálkozás után végre a tudósok előállítottak egy élő példányt

A Shogunok idejében egy ifjú nemes lord kínozza és öli az embereket, miközben rangja mentességet ad neki a törvényes felelősségre vonás alól. Nem menekülhet azonban a 13 bérgyilkos számonkérése elől, a félelmetes titkos csoport speciális képességekkel rendelkező tagjai ugyanis kimondják rá a halálos ítéletet. Erődítményszerű otthonába betörni azonban még nekik is öngyilkosság lenne, úgyhogy megvárják amíg a lord útra kél, és egy kis faluban ütnek rajta. Hamarosan azonban rájönnek, hogy csapdába csalták őket, és többszörös túlerővel kell szembeszállniuk, hogy végrehajtsák az ítéletet…

Egy rejtélyes edző meghívását elfogadva Ash, Misty és Brock megismeri Mewtwo-t, egy mesterségesen létrehozott Pokémont, aki harcra éhezik.

Ash, és barátai a Johto vidék egy újabb részének, a felfedezésére készülnek, ám lekésik a buszt, így az ott élő Pokémon kutató lányhoz, Lunához fordulnak segítségért. Mewtwo és a többi klón Pokémon egy eldugott fennsíkon élnek magányosan és számkivetten, de békében, távol az emberektől. Giovanni, Mewtwo alkotója, és legnagyobb ellensége, az egyetlen ember akinek memóriájából nem törlődött ki Mew és a klón Mewtwo csatájának emléke, nem nyugszik, amíg vissza nem szerzi szuperklónját. Emberei és a Rakéta Csapat tagjai felfedik a klónok rejtekhelyét…