A történet valamikor a távoli jövőben játszódik, amikor az emberiség már elhagyta a katasztrófa sújtotta Földet, és benépesítette a Naprendszert. A bolygóközi társadalomban elharapódzó bűnözéssel szemben az Intergalaktikus Rendőrség már kevésnek bizonyul, a korrupciótól tehetetlen rendőrség bevezeti az akár milliós végösszegű vérdíjakat, és megkezdődik a fejvadászok, vagy ahogy ők magukat hívják a cowboyok kora. A főszereplők is ilyen fejvadászok, akik akarva-akaratlanul egymásra lesznek utalva, miközben bolygóról bolygóra repülnek a „nagy fogás” reményében, a galaxis legfurább figuráival akadnak össze, de lassacskán fény derül a múltjuk sötétebb titkaira is, amikkel szembe kell nézniük.

A Trigun egy western köntösbe bújtatott sónen manga, aminek főszereplője Eszeveszett Vash más néven a Humanoid Tájfun, akit a Bernardelli Biztosítási Társaság két munkatársa követ, hogy megpróbálják minimalizálni az általa okozott károkat. A kár legnagyobb részét, azonban nem Vash, hanem a rá vadászó fejvadászok okozták, Vash fejére ugyanis 60 milliárd dupladolláros vérdíjat tűztek July város elpusztításáért. Vash amnéziája miatt nem emlékszik tisztán a város elpusztítására. Utazásai alatt a bajba került emberek életét próbálja megmenteni és alkalomadtán egy rejtélyes múlttal rendelkező pap, Nicholas D. Wolfwood is csatlakozik hozzá. A történet alatt megismerhetjük Vash múltját és a Gunsmoke nevű bolygón élő emberi társadalom történetét. Ahogy a történet vége felé közeledünk, az egyre sötétebb lesz Vash ellenségei és testvére, Millions Knives megismerése révén.

A 21. században járunk, mikor a technikai fejlődés észveszejtő sebességgel tágítja a lehetőségek körét, immár túl az emberin is. Az új lehetőségekkel azonban egészen új típusú bűntények jelennek meg. Vegyük mindjárt a titokzatos hackert, a "Kacagó Ember"-t, aki onnan kapta ezt a nevet, hogy évekkel ezelőtt elrabolt egy vállalati vezetőt, de hogy eltakarja saját arcát, digitálisan egy sematikus vigyorgó ábrát tett a feje elé. A legelképesztőbb bűnesetek felderítésére létrehoztak egy különleges ügynökséget, a Kusanagi Motoko őrnagy vezette 9-es szekciót, melynek főnöke a csavaros eszű Aramaki, s tagjai Batou a néha viccelődő kemény legény, Togusa a családos helyszíni nyomozó, Ishikawa a háttérinformációk gyűjtője, Saito a mesterlövész, Boma a hallgatag robbantási szakértő, s a meglehetősen sötét Pazu.