Kakeru nővére 10 évvel ezelőtt öngyilkos lett. Legjobb barátja Yuka szülei meghaltak. Mindketten árvák lettek. Most átlagos életüket élik, épp egy vásár felé igyekeztek am ekkor az egész város vörösségbe borul,eltűnik mindenki rajtuk kívül és feltűnik a fekete hold. Szörnyek támadják meg őket, aztán egyszerűen visszatért minden a régi kerékvágásba. Később találkoznak másokkal is, akik ezalatt a jelenség alatt nem tűnnek el. És mindannyiuknak valami furcsa képességük van. A fekete lovagok nevezetű szervezet megtámadja őket, mindig amikor eljön a Vörös éjnek elnevezett jelenség. Összefognak, hogy legyőzzék őket és véget vethessenek az egésznek.

A legendák szerint létezik egy titokzatos tárgy, amely többszörösére növeli használója erejét; egy tárgy, amelynek segítségével áthághatók a tudomány és természet szabta határok. Egy vérvörösen csillogó kő, amelynek titkát évszázadok óta kutatják az alkímia mesterei: a Bölcsek Köve. Sokan próbálták már létrehozni, de eddig még senki nem járt sikerrel. Most azonban két nagyon fiatal és tehetséges alkimista eredt a nyomába, akiknek célja nem a hatalom vagy a hírnév. Edward és Alphonse Elric egy szörnyű hibát próbálnak helyrehozni, ám tudtukon kívül olyan veszélyes játszmába keverednek, amelyben nem csak a saját sorsuk a tét, hanem több millió ember élete is. A teremtő erőt csak egy hajszál választja el a pusztítótól, a Bölcsek Köve pedig olyan eszköz, amely még jó kezekben is veszélyes lehet. Az Elric testvérek pedig még nem sejtik, miféle teher nyugszik a vállukon.