Kurosaki Ichigo nem éppen átlagos gimnazista. Feltűnő hajszín, lökött család - és ha ez nem volna elég, a képesség, hogy lássa az evilágon rekedt lelkeket. Egyébként sem egyhangú élete gyökeresen felfordul, amikor megtudja, hogy léteznek gonosz lelkek - Lidércek -, és halálistenek, akik az embereket védik tőlük. Kuchiki Rukia is halálisten, és egy Ichigóra vadászó Lidércet jött elintézni, csakhogy megsérül a harcban. Utolsó esélyként Ichigóra ruházza képességeit, aki meglepő tehetséget mutat új szerepében.

Satsuki Miyanoshita öccsével, Keichirouval és édesapjával visszaköltöznek arra a helyre, ahol halott édesanyjuk felnőtt. Új iskolájuk mellett egy régi, lepusztult gimnázium is található, ahol a pletykák szerint időről időre gonosz szellemek bukkannak fel, és aki az ócska épületbe belép, csúnyán megjárhatja. Satsuki kisöccse az első iskolai napjukon a hátizsákjában elviszi a macskájukat, Maya-t, ám a cica megszökik és pont ebbe a régi iskolába bújik el. Mivel a Miyanoshita gyerekeknek fontos ez az állat, minden bátorságukat összeszedve utánamennek. A bejáratnál azonban két fiú várja őket, hogy megrémisszék az újakat; és hogy figyelmeztessék: oda nem ajánlatos belépni... A két fiú nem mást, mint Satsukiék szomszédja, Hajime, és Hajime barátja, Reo, aki megszállott "szellemkutató".

Takato Matsuki, Henry Wong, és Rika Nonaka teljesen átlagos fiatalok azzal a különbséggel, hogy saját digimonjaik vannak. Mindhárom fiatal más-más módon képzeli el a társuk nevelését: Rika szerint a digimon harceszköz, Henry szerint barát, Takato pedig szinte úgy kezeli Guilmon-t, mint egy játékot, és ez sok összetűzést okoz közöttük. Társaikat egy speciális digiváltoztató segítségével irányítják, amihez kártyákat tudnak felhasználni, így tudnak nekik új erőt adni. (Például: digivolúció, sebesség, erő, vagy esetleg egy másik digimon támadása.) Mikor az úgynevezett Devák elkezdik Japánt megszállni, kénytelenek nézeteltéréseiket félrerakni, és egy csapatként dolgozni. Dolgukat a Hypnos titkos szervezete is nehezíti, hiszen az ott dolgozók ki akarják pusztítani az összes digimont, beleértve az övéiket is. A történet során számos új barát csatlakozik hozzájuk. (Ryo, Jenny, Kazu, Kenta, és Suzie/Schuchong.). De ellenségeik száma is folyamatosan nől. A digivilágba is eljutnak.