Satsuki Miyanoshita öccsével, Keichirouval és édesapjával visszaköltöznek arra a helyre, ahol halott édesanyjuk felnőtt. Új iskolájuk mellett egy régi, lepusztult gimnázium is található, ahol a pletykák szerint időről időre gonosz szellemek bukkannak fel, és aki az ócska épületbe belép, csúnyán megjárhatja. Satsuki kisöccse az első iskolai napjukon a hátizsákjában elviszi a macskájukat, Maya-t, ám a cica megszökik és pont ebbe a régi iskolába bújik el. Mivel a Miyanoshita gyerekeknek fontos ez az állat, minden bátorságukat összeszedve utánamennek. A bejáratnál azonban két fiú várja őket, hogy megrémisszék az újakat; és hogy figyelmeztessék: oda nem ajánlatos belépni... A két fiú nem mást, mint Satsukiék szomszédja, Hajime, és Hajime barátja, Reo, aki megszállott "szellemkutató".

A jövőbeli Tokióban járunk, ahova a történetünk kezdete előtt tíz évvel felállítottak egy falat, amit "Pokol kapujaként" emlegetnek a lakosok. Ugyanekkor eltűntek az igazi csillagok és a Hold az égről. Hogy a fal minek köszönhetően jött létre, és hogy milyen célt szolgál, azt senki sem tudja megmondani. A fal előtti életre meg már nem emlékszik senki. Nem sokkal ezt követően új csillagok jelennek meg az égen, amelyek különleges képességű embereket jelölnek, ők az egyezkedők. Új egyezkedő felbukkanásakor születik egy új csillag az égen. Az egyezkedő halálakor pedig lehullik az őt jelölő csillag.

A három Pokémon tanító Ash, Brock és Misty egyetlen célja: mestereivé válni a pokémonoknak. A történet minden egyes helyszínén, legyen az erdő, város, Pokémon-edzőterem, fennáll a lehetőség, hogy egy új pokémonnal találkozhatunk. Minden egyes kis szörny, összesen 150 fajta van, más és más tulajdonságokkal rendelkezik. A cél nem csak az, hogy hőseink legyőzzék őket, hanem az, hogy minél többet összegyűjtsenek belőlük, és kiképezzék őket. Időközben megismerkedhetünk magukkal a szörnyecskékkel is, kapcsolatok keletkeznek és alakulnak, s hamarosan rájövünk: a pokémonok nemcsak eszközei az előrejutásnak, hanem élő-érző szereplői a történetnek. Elvesztett és megnyert csaták során hőseink tapasztalatokat szereznek, kapcsolatba lépnek és megbarátkoznak a szörnyekkel. Minden pokémon különböző szükségletekkel és tulajdonságokkal bír, azaz saját egyéniséggel rendelkezik, s ez teszi mindannyiukat emberivé. Hőseink minél inkább megértik és oktatják őket, minél jobban törődnek velük, annál több segítségre számíthatnak a pokémonoktól, hogy elérjék céljukat: a legjobbaknak járó címet.