Egy vírus által okozott apokalipszist követően Japán elveszítette függetlenségét. Amikor a gimnazista Shu furcsa erő birtokába jut, az ellenállás soraiban találja magát.

A legendák szerint létezik egy titokzatos tárgy, amely többszörösére növeli használója erejét; egy tárgy, amelynek segítségével áthághatók a tudomány és természet szabta határok. Egy vérvörösen csillogó kő, amelynek titkát évszázadok óta kutatják az alkímia mesterei: a Bölcsek Köve. Sokan próbálták már létrehozni, de eddig még senki nem járt sikerrel. Most azonban két nagyon fiatal és tehetséges alkimista eredt a nyomába, akiknek célja nem a hatalom vagy a hírnév. Edward és Alphonse Elric egy szörnyű hibát próbálnak helyrehozni, ám tudtukon kívül olyan veszélyes játszmába keverednek, amelyben nem csak a saját sorsuk a tét, hanem több millió ember élete is. A teremtő erőt csak egy hajszál választja el a pusztítótól, a Bölcsek Köve pedig olyan eszköz, amely még jó kezekben is veszélyes lehet. Az Elric testvérek pedig még nem sejtik, miféle teher nyugszik a vállukon.

Amikor egymás után meggyilkolják a világ hét legfejlettebb robotját és azok emberi szövetségeseit, Gesicht nyomozó hamarosan ráébred, hogy ő is veszélyben van.