Az utolsó filmhez képest 17 évvel később egy vándorló fekete lyuk közeledik a naprendszerhez amely hamarosan elpusztít minden életet. A döntés megszületett, a Föld teljes lakosságát áttelepítik egy fényévekre lévő biztonságosabb bolygóra.

Hat gyerekkori jó barát, Jinta, Anaru, Yukiatsu, Tsuruko, Poppo és Menma együtt a Szuper Békevadászok. Mire felnőnek, már a barátságuk sajnos nem a régi. Mindannyian küzdenek a bűntudattal és senki nem meri felhánytorgatni a múltat. Mikor Menma újra megjelenik, Jinta megpróbálja a lehetetlent: Újra összehozni a Szuper Békevadászokat. A film a sorozat cselekménye után egy évvel játszódik. A barátok elhatározzák, hogy levelet írnak Menmának. Anaru viszont küszködik a levél megírásával, hiszen nem tudja, mit is mondhatna Menmának. Újra felelevenednek a fájó emlékek és van, aki még mindig az érzéseivel küzd