Öt év telt el az első sorozat óta. Songoku már családos ember és van egy négyéves fia is, Songohan. Egy nap különös idegen érkezik, akiről kiderül hogy a neve Raditz és Songoku bátyja. Az is kiderül, hogy Songoku egy Saiyajin (csillagharcos) és Raditz azért jött hogy elpusztítsa a Földet. Songoku végül Sátán segítségével legyőzi Raditz-ot, ám meghal. Közben kiderül hogy még két másik Saiyajin is a Föld felé tart, akik erősebbek mint Raditz. Hőseink felkészülnek a harcra, de a java még csak ezután következik.

A történet valamikor a távoli jövőben játszódik, amikor az emberiség már elhagyta a katasztrófa sújtotta Földet, és benépesítette a Naprendszert. A bolygóközi társadalomban elharapódzó bűnözéssel szemben az Intergalaktikus Rendőrség már kevésnek bizonyul, a korrupciótól tehetetlen rendőrség bevezeti az akár milliós végösszegű vérdíjakat, és megkezdődik a fejvadászok, vagy ahogy ők magukat hívják a cowboyok kora. A főszereplők is ilyen fejvadászok, akik akarva-akaratlanul egymásra lesznek utalva, miközben bolygóról bolygóra repülnek a „nagy fogás” reményében, a galaxis legfurább figuráival akadnak össze, de lassacskán fény derül a múltjuk sötétebb titkaira is, amikkel szembe kell nézniük.

A legendák szerint létezik egy titokzatos tárgy, amely többszörösére növeli használója erejét; egy tárgy, amelynek segítségével áthághatók a tudomány és természet szabta határok. Egy vérvörösen csillogó kő, amelynek titkát évszázadok óta kutatják az alkímia mesterei: a Bölcsek Köve. Sokan próbálták már létrehozni, de eddig még senki nem járt sikerrel. Most azonban két nagyon fiatal és tehetséges alkimista eredt a nyomába, akiknek célja nem a hatalom vagy a hírnév. Edward és Alphonse Elric egy szörnyű hibát próbálnak helyrehozni, ám tudtukon kívül olyan veszélyes játszmába keverednek, amelyben nem csak a saját sorsuk a tét, hanem több millió ember élete is. A teremtő erőt csak egy hajszál választja el a pusztítótól, a Bölcsek Köve pedig olyan eszköz, amely még jó kezekben is veszélyes lehet. Az Elric testvérek pedig még nem sejtik, miféle teher nyugszik a vállukon.

Az engedély nélküli, de zseniális orvos, Black Jack kalandjait követhetjük nyomon, aki rendkívüli emberekkel és jelenségekkel találkozik, miközben szokatlan orvosi eseteket lát el.

A világon valaha élt legszabadabb ember kétségkívül nem más, mint Gol D "Gold" Roger vagy ahogyan manapság emlegetik a kalózkirály. A kivégzése napján az összegyűlt tömegből valaki kikiabált és megkérdezte, hogy hova rejtette el a legendás kincsét a One Piece-t. Erre ő így felelt: "A kincseimet akarjátok? Keressétek meg! Mindet egy helyen hagytam." Az emberek, hogy az álmaikat és vágyaikat beteljesítsék elindultak a Grand Line felé. Ezzel elkezdődött a Kalózok Kora.

A világon valaha élt legszabadabb ember kétségkívül nem más, mint Gol D "Gold" Roger vagy ahogyan manapság emlegetik a kalózkirály. A kivégzése napján az összegyűlt tömegből valaki kikiabált és megkérdezte, hogy hova rejtette el a legendás kincsét a One Piece-t. Erre ő így felelt: "A kincseimet akarjátok? Keressétek meg! Mindet egy helyen hagytam." Az emberek, hogy az álmaikat és vágyaikat beteljesítsék elindultak a Grand Line felé. Ezzel elkezdődött a Kalózok Kora.

Egy alakváltó, emberevő démon jut be Raki falujába, és egy ezüstszemű lány, Clare menti meg őket. A lány egy claymore, félig ember, félig pedig az általa kinyírt démon hibridje, és kifejezetten azzal a céllal készült társaival együtt, hogy megvédjék az emberiséget. Raki ugyan túlélte, de a szülei meghaltak, és más választása nem lévén, csatlakozik Clare-hez. Városról városra vándorolnak, és a fiú egyre több mindent tud meg a lányról, és a titokzatos szervezetről, mely létrehozta.

Hatori Chise fiatalkora nagy részét nélkülözésben és sorozatos fájdalmak közepette élte, miközben a család és a szeretet fogalma teljesen ismeretlenek voltak számára. Mikor aztán úgy tűnik, hogy az utolsó reménye is elveszett, egy sorsdöntő találkozás mindent megváltoztat körülötte. Hősnőnket ugyanis Elias, egy szörny fejjel és természetfeletti képességekkel rendelkező mágus vásárolja meg a rabszolgapiacon, aki nemcsak hogy felszabadítja Chisét, de előbb a tanítványává is fogadja, majd a menyasszonyává teszi a lányt.