Albert Einstein és más megbízható tanácsadók segítségével, Harry S. Truman elnök megbízást adott a Pacific Northwest egy távoli területének egy szuper titkos lakóhellyé fejlesztésére, ami arra szolgálna, hogy nevelje és védje Amerika legértékesebb szellemi erőforrásait. Hogy ott dolgozzanak a nemzet gondolkodói és zsenijei a következő tudományos és technológiai korszakon, hogy ott éljenek és dolgozzanak egy támogató környezetben. Így született meg a város melynek neve: Euréka.

A titokzatos milliárdos Mr. Finch (Michael Emerson) kifejlesztett a kormány számára egy különleges számítógépet, amelynek a segítségével meg lehet akadályozni különféle bűncselekményeket, terrorfenyegetéseket. Később munkát ajánl a halottnak hitt, speciális katonai alakulatoknál szolgáló, korábbi kormányügynöknek, John Reese-nek (Jim Caviezel), hogy dolgozzanak össze, tisztítsák meg New York utcáit a bűnözőktől és védjék meg az ártatlanokat. Azonban a találmány egyelőre nem képes meghatározni, hogy kivel fog jó vagy rossz dolog történni, így a célszemélyről nem lehet előre tudni, hogy épp áldozat vagy maga az elkövető.

Az azonos című, még megjelenés előtt álló Kass Morgan regény feldolgozása, egyfajta posztapokaliptikus ‘Legyek Ura’, amelynek története 97 évvel egy nukleáris háború után játszódik, amely elpusztította a civilizációt. Az utolsó túlélők egy űrhajóról 100 tinédzsert küldenek a felismerhetetlenségig megváltozott Föld felszínére, hogy kiderüljön, benépesíthető-e még a bolygó. Azonban mind a százan sötét titkokat hordoznak magukkal, és hamar rájönnek, hogy múltjukat nem hagyhatják maguk mögött, az űrben.

A történet kulcsfigurája Olivia Dunham, aki mellett az elmúlt éveit elmegyógyintézetben töltő tudós, Walter Bishop, valamint annak fia, Peter Bishop vesz részt a rejtélyes ügyek felderítésében. Eközben a háttérben egy nagyobb, világméretű összeesküvés képe rajzolódik ki, egy olyan kísérletsorozat, melyről kormányügynökségek és magánvállalatok is tudnak, s a szálak a legmagasabb körökig vezetnek.