A történet valamikor a távoli jövőben játszódik, amikor az emberiség már elhagyta a katasztrófa sújtotta Földet, és benépesítette a Naprendszert. A bolygóközi társadalomban elharapódzó bűnözéssel szemben az Intergalaktikus Rendőrség már kevésnek bizonyul, a korrupciótól tehetetlen rendőrség bevezeti az akár milliós végösszegű vérdíjakat, és megkezdődik a fejvadászok, vagy ahogy ők magukat hívják a cowboyok kora. A főszereplők is ilyen fejvadászok, akik akarva-akaratlanul egymásra lesznek utalva, miközben bolygóról bolygóra repülnek a „nagy fogás” reményében, a galaxis legfurább figuráival akadnak össze, de lassacskán fény derül a múltjuk sötétebb titkaira is, amikkel szembe kell nézniük.

Takato Matsuki, Henry Wong, és Rika Nonaka teljesen átlagos fiatalok azzal a különbséggel, hogy saját digimonjaik vannak. Mindhárom fiatal más-más módon képzeli el a társuk nevelését: Rika szerint a digimon harceszköz, Henry szerint barát, Takato pedig szinte úgy kezeli Guilmon-t, mint egy játékot, és ez sok összetűzést okoz közöttük. Társaikat egy speciális digiváltoztató segítségével irányítják, amihez kártyákat tudnak felhasználni, így tudnak nekik új erőt adni. (Például: digivolúció, sebesség, erő, vagy esetleg egy másik digimon támadása.) Mikor az úgynevezett Devák elkezdik Japánt megszállni, kénytelenek nézeteltéréseiket félrerakni, és egy csapatként dolgozni. Dolgukat a Hypnos titkos szervezete is nehezíti, hiszen az ott dolgozók ki akarják pusztítani az összes digimont, beleértve az övéiket is. A történet során számos új barát csatlakozik hozzájuk. (Ryo, Jenny, Kazu, Kenta, és Suzie/Schuchong.). De ellenségeik száma is folyamatosan nől. A digivilágba is eljutnak.