Ez a káosz ideje. A Föld már nem olyan, mint régen. A Kék nevű hibához hasonló hibával fertőzött meg. A titokzatos betegségben szenvedő Yuji Kaidót felfüggesztett animációba állítják, amíg gyógyulást nem találnak. Amikor felébred, Yuji megtudja, hogy már több mint 20 év telt el azóta, hogy felfüggesztett animációba helyezték, és a világot most ezek a lények irányítják. Csatlakozik egy hatalmas mechákkal felszerelt katonacsoporthoz, hogy a Kék ellen küzdjön a jobb jövő reményében.