Az NCIS a Haditengerészeti Bűnüldöző Hivatal Főügyekért Felelős Csapatának különleges ügynökeit követi nyomon, a szervezet főhadiszállása a Washington-i Navy Yard, Washington D.C.-ben. A csapatot gyakran bízzák meg kiemelten jelentős ügyekkel, úgymint az elnök nukleáris fegyverekért felelős emberének halála, bombaszituáció az USA hadiflottájának hajóján, egy valóságshow-szereplő halála az USA Tengerészeti Testületének bázisán, terrorista fenyegetések és emberrablások. Ugyanakkor bármilyen bűneset megoldására kijelölik őket, ami kötődik a hadiflottához vagy a tengerészeti testülethez.

A sorozat Daniel "Hondo" Harrelson őrmester karakterén keresztül mutatja be egy S.W.A.T.-csapat mindennapjait. Az egykori tengerészgyalogos a csapata vezetőjeként igyekszik teljesíteni a feladatokat, miközben próbálja oldani a feszültséget a los angelesi közösség és a rendőrség között. A műsor alapvetően komoly hangvételű, de humoros jeleneteket is szerepeltetnek benne.

Chip Baskets élete álma, hogy francia bohóc legyen, ezért beiratkozik a híres párizsi bohóciskolába. Anyagi nehézségei és az áthidalhatatlan nyelvi korlátok miatt kénytelen hazaköltözni Bakersfieldbe, ahol jobb híján rodeóbohócként helyezkedik el.