Emily Anita Watson 1967.január 14-én született Islingtonban, Londonban, az Egyesült Királyságban. Édesapja, Richard, építész, édesanyja, Katharine, angoltanár. Középosztálybeli anglikánként nevelkedett. Középiskola után a Bristoli Egyetemen végzett angol szakon, majd a Drama Studio Londonban tanult tovább. Színészi karrierjét színpadon kezdte, amikor 1992-ben bekerült a Royal Shakespeare Companyhez. A filmes áttörést Lars Von Triernek köszönheti, aki felajánlotta neki Bess szerepét a %% (1996) című filmjében, ami rögtön több díjat és Oscar-jelölést is hozott Emilynek. A színésznő karrierje ekkor nagy lendületet vett, majd 1997-ben szerepet kapott a nagysikerű, Daniel Day-Lewis nevével fémjelzett %%ben (1997). Következő Oscar-jelölését a Hilary és Jackie (1998) című filmben nyújtott alakításáért kapta, ezt követően Tim Robbins oldalán láthattuk a Broadway 39. utca (1999) című alkotásban. Emily a kétezres évek elején olyan filmekben tűnt fel, mint a Gosford Park (2001), %% (2002), a %% (2002) és a Christian Bale-lel forgatott sci-fi, az Equlibrium – Gyilkos nyugalom (2002). 2004-ben Golden Globe-jelölést kapott a %% (2004) című HBO-filmben nyújtott alakításáért, de szinkronszínészként közreműködött a Tim Burton rendezésében bemutatott A halott menyasszonyban (2005) is. Az elmúlt években számos filmben láthattuk (%% – Julia Roberts-szel és Carrie Ann Moss-szal, 2008, Kis-nagy világ – 2008, Kisvárosi Rock 'n' Roll – 2011), szerepelt többek között Spielberg nagysikerű Hadak útján (2011) című alkotásában, és %% (2012) című adaptációban is. Geoffrey Rush mellett szerepelt %%ban (2013), legutóbb pedig a %%-ben (2014) láthattuk. Emily Watson 1995-ben ment feleségül Jack Watershez, akit a Royal Shakespeare Companynél ismert meg. Egy lányuk és egy fiuk született, a család jelenleg Londonban él.