Öt esztendős vizsgálat után a kormány lezártnak tekinti az X-aktákat. Egy dallas-i eset kapcsán azonban Mulder ügynök ismét gyanút fog. A városban ugyanis felrobbant és porig égett az egyik épület. A romok között pedig emberi maradványokat találtak. Muldernek a fülébe jut, hogy talán nem is igazi áldozatok ők és már halottak lehettek a robbanás idején. Úgy tűnik, hogy a kormány valamilyen titkos program bizonyítékait akarta így eltüntetni. Mulder választ szeretne kapni a kérdéseire. Amikor szimatolása közben Scully-t újra elrabolják, utána ered és megdöbbentő felfedezésre jut. A mozifilm az V.-VI. szezonok között helyezkedik el, a VI. szezon kezdetéhez szükséges a nagyfilm ismerete.

J különleges ügynök egy rutinfeladatnak tűnő ügyben kezd el nyomozni. Egy földönkívüli megölt egy másik földönkívülit. Nem nagy ügy, előfordult ilyen már jobb családokban is. Ám a nyomozás során J egy ördögi bűntény nyomára bukkan, amely mögött Sereena, a gonosz kylothiai lény és kétfejű, ám még így is féleszű társa, vagyis társai, Scrad és Charlie áll, illetve állnak. Ráadásul Sereena szívdöglesztő külsejű, fehérnemű manökennek álcázza magát. Csak egyvalaki segíthet, K ügynök, akinek korábban biztonsági okokból minden emlékét törölték, és most egy másik veszélyes kormányszervezet alkalmazottja: postás.

Walter, a világ legnagyobb Muppet-rajongója. Amikor megtudja, hogy a gonosz olajmágnás Tex Richman (Chris Cooper)le akarja rombolni a Muppet Színházat, testvérével, Garyvel (Jason Segel) és annak barátnőjével, Maryvel (Amy Adams) elhatározzák, megszerzik a színház megmentéséhez szükséges 10 millió dollárt és összehozzák A Valaha Volt Legnagyobb Muppet Jótékonysági Akciót. A Muppetek azonban szétszéledtek, mind saját útjukat járják: Topi Maci egy renói kaszinó tribute bandájában, a Moopetsben játszik, Miss Röfi teltkarcsú-divatszerkesztő a párizsi Vouge-nál, Animal egy Santa Barbara-i klinika dühterápiás kezelésén vesz részt, Gonzó pedig feltörekvő építőipari vállalkozó. Elindulnak tehát, hogy összetrombitálják a régi bandát és egy utolsó show-ra összeállítsák a régi csapatot.