A kétfejű sárkány titka a látványos élőszereplős megoldásokat a bábanimációval vegyítő mesefilm, amelynek cselekménye szerint a Sárkány Királyságban békésen és boldogan éldegél az egykori Király és Királyné. Náluk nyaralnak az erdő szélén, a Nefelejcs mező közelében az unokáik, akik egy szép nyári estén a kétfejű sárkánynál, Kormosnál alszanak. Elalvás előtt a kétfejű sárkány mesét olvas nekik, melyből sok érdekességet tudnak meg a királyság történetéről.

Összegyűjtik a zsidó származású lakosságot a varsói gettóban. Czerniakow rabbi (Donald Sutherland) képviseli a 350 ezer kiközösített ember jogait és irányítja pénzügyeit. Egy tragédiával végződő túsztárgyalás után felkeresi őt Mordechai (Hank Azaria) és Yitzhak (David Schwimmer), a két fiatal tanár, hogy a közösség anyagi támogatását kérje a diákok. Palesztinába való kimenekítéséhez. A gettóból azonban váratlanul megindul a deportálás, és százezreket szállítanak el egy ismeretlen táborba.