Az Arizonában játszódó történet két indiánfiúról szól. A jóvágású Victor (Adam Beach) alkoholista apja elhagyta családjukat. A barátkozós és kissé kelekótya Thomas (Evan Adams) nagyon fiatalon elvesztette szüleit egy tűzesetben. Thomas a meséin keresztül próbál meg minden áron kapcsolatba kerülni az őt körülvevő emberekkel; Victor viszont csendes viselkedésével sugároz erőt és magabiztosságot. Amikor Victor elkóborolt apja meghal, a két fiú kalandos útra kel Phoenixbe, hogy elhozzák a hamvakat. A Füstjelek megmutatja, milyen kötelékek fűzik össze ezt a két teljesen különböző embert, és elmondja, mit tanulnak egymástól az út során.

Az ipari forradalom, majd az 1800-as évek második felében megindult elképesztő gazdasági fejlődés alapjaiban változtatta meg az ember és a természet viszonyát. Az emberiség elkezdte nyersanyagforrásnak használni a természetet, kifogyhatatlan bőségszaruként kezelte. A kétszáz évnyi folyamatos ipari fejlődésért azonban súlyos árat kellett fizetnünk. A globális felmelegedés következménye megannyi katasztrófa, mely a veszélyre figyelmeztet. Most talán még van esély a változtatásra. Az alkotók feltárják, hogyan jutott el az emberiség arra a pontra, hogy fegyverek nélkül is elpusztítsa önmagát.

Az öreg indián nagypapa rezervátumban él, és Ő népe legnagyobb mesemondója. Kötelességének érzi, hogy népe fennmaradása érdekében átadja történeteit a következő generációnak. Legalkalmasabb képviselője az utcai bandákkal élő 16 éves fiú lenne. Shane-t anyja bízza meg azzal, hogy kísérje el nagyapját az Új-Mexikóban tartandó nagy indián ünnepségre. Shane beleegyezik, de azt senki nem tudja, hogy ezt csak azért teszi, hogy hitelezői elől meneküljön. Így kezdődik kettejük utazása. Egyikük sem tudja még, hogy az utazás mindkettőjük életét örökre megváltoztatja majd.

Ray Levoi az FBI egyik fiatal ügynöke különös megbízást kap: egy rejtélyes és igencsak kényes gyilkossági ügyet kell felderítenie az egyik indián rezervátumban. Ray nem örül a feladatnak, mert egész élete során soha nem akart szembe nézni származásával: ereiben ugyanis apai ágon indián vér csörgedezik, de alkoholista apjával kapcsolatban csak rossz emlékei vannak. Az FBI azonban éppen az ügynök származása miatt bízta rá a kényes nyomozás feladatát. Miközben folyik a nyomozás, az ügynökök megismerkednek a helyi seriffel, aki szemmel láthatóan nem szívleli az idegeneket és úgy tűnik, sokkal többet tud az eset hátterérõl, mint amennyit az ügynököknek elárul. Kelletlen modorával, udvariatlanságával pillanatok alatt elnyeri Levoi õszinte utálatát, aki egyre inkább úgy érzi, rossz helyen keresik az igazi tettest.

Titokzatos halálesetek követik egymást egy New York-i kórházban, s különös módon az elhunytak mind szerencsétlen hajléktalanok. Az események felkeltik egy fiatal orvos figyelmét, aki minél többet tud meg az elhalálozások hátterérõl, annál inkább kezd kételkedni neves, köztiszteletben álló professzorában. A nyughatatlan fiatal doktor egy olyan programra bukkan, melynek feltárása orvosi hitelét, jövendõ pályáját, végül pedig közvetlenül az életét fenyegeti.

Alaszka maga a romlatlan, háborítatlan természet, az Aegis olajtársaságot azonban ez nem érdekli. Amikor a cég egyik szakembere, Taft tudomást szerez a környezetromboló tervekről, amely a helybeli lakosság megélhetését is kockáztatná, úgy érzi, tennie kell valamit. Miután halálosan összekülönbözik a cég elnökével, Jenningsszel, a szép helybeli aktivista, Masu pártjára áll. Taft és Masu tudja, veszélyes vizekre merészkedtek, de Jennings is sejti, hogy a tűz-jég kombináció halálos is lehet.