A film az egyiptomi sivatag képével nyit. Itt, ezen a kontinensen hipnotizálják Leopold Fishert. Az egykori zsaru, hazatér észak-európai otthonába, miután tizenhárom évig Kairóban élt. Öreg mentora és példaképe Osborne, aki a Bűn lélektana című tanulmány szerzője arra kéri, hogy oldjon meg egy rejtélyes sorozat-gyilkosságot, melynek áldozatai kizárólag lottóárus lányok. A tanulmány elméletét követve Fisher a gyilkos szerepébe helyezi magát, hogy magáévá tegye a gondolatjárását. Egy bizonyos Harry Grey nevű gyanúsított nyomába ered, akinek a nevére egy hároméves rendőrségi aktában talál. A tudatmódosításoktól sem mentes, megszállott hajszában Kim, Harry Grey korábbi barátnője lesz a társa, akihez beteges kapcsolat fűzi. Már Osborne is hiába állítja, hogy Grey meghalt egy autóbalesetben, Fishert nem lehet leállítani. Egyre inkább megpróbál Greyre hasonlítani, és ahogy fokozódik a hajsza, elviselhetetlen fejfájásai kezdik az őrületbe kergetni.

Az Európa főszereplője, Leo, egy idealista, német származású amerikai fiatalember. Azzal a céllal tér vissza 1945-ben Németországba, hogy segítséget nyújtson az ország újjáépítésében. Hálókocsi-kalauznak tanul a nagybátyja szárnyai alatt és rövid időn belül érzelmi és ideológiai csapdába kerül. Szerelmes lesz egy vasúttársaság-tulajdonos lányába, aki viszonozza az érzelmeit, de gondolkodása gyökeresen más, mint Leoé.

A Járvány főszereplői maguk az alkotók Lars von Trier és Niels Vorsel, akik sem nevüket, sem foglalkozásukat nem változtatták meg a filmben. A történet elején a rendezőnek és a forgatókönyvírónak A zsaru és a kurva címmel forgatókönyvet kell írnia. Miután a kézirat egy számítógép hiba miatt eltűnik, már csak öt napjuk van, hogy megírjanak egy kétszáz oldalas forgatókönyvet. Úgy döntenek, hogy rövidebbre fogják az új történetet, aminek Járvány lesz címe. Ez a "belső" film egy fiatal, idealista orvosról szól, aki megpróbálja felvenni a harcot egy egész Európát fenyegető járvánnyal. Mindeközben az alkotóknak sejtésük sincsen róla, hogy éppen körülöttük van egy járvány kialakulóban.