A 9. században, valahol Írország egy távoli részén fekszik az erődítmény jellegű Kells-i apátság, ahol a 12 éves Brendan éli csendes mindennapjait. Keményen dolgozik szerzetes társaival együtt, hogy a viking fosztogatások ellen megvédjék magukat és az apátságot. Aidan testvér feltűnésével, aki híres kódex festő hírében áll, s akinek a birtokában egy különleges de befejezetlen kódex van, nagy kaland veszi kezdetét, melyben Brendannak főszerep jut.

A tenger dala csodálatos mese Benről és kishúgáról, Saoirse-ről, aki az utolsó fókatündér. A két testvér kalandos útra indul egy ősi, varázslatos legenda nyomában, hogy hazatérhessenek tengerparti otthonukba. A film az ír folklórból merített inspirációt: a mitológiai selkiek a tengerben fókaként élnek, de a szárazföldön emberré válnak.