A történet a Halálisten Fegyvermester Akadémián játszódik, a cselekmény három, egy fegyvermesterből és legalább egy emberi fegyverből álló csapat köré összpontosul. A csapatok célja, hogy a fegyvert „halálkaszává” fejlesszék fel, s így az Akadémia fejének, Halálisten mesternek fegyverévé változtassák. A folyamat során a fegyver lelkének 99 gonosz emberi lelket és egy boszorkány lelkét kell elfogyasztania pontosan ebben a sorrendben, különben az egész műveletet elölről kell kezdeni.

A három Pokémon tanító Ash, Brock és Misty egyetlen célja: mestereivé válni a pokémonoknak. A történet minden egyes helyszínén, legyen az erdő, város, Pokémon-edzőterem, fennáll a lehetőség, hogy egy új pokémonnal találkozhatunk. Minden egyes kis szörny, összesen 150 fajta van, más és más tulajdonságokkal rendelkezik. A cél nem csak az, hogy hőseink legyőzzék őket, hanem az, hogy minél többet összegyűjtsenek belőlük, és kiképezzék őket. Időközben megismerkedhetünk magukkal a szörnyecskékkel is, kapcsolatok keletkeznek és alakulnak, s hamarosan rájövünk: a pokémonok nemcsak eszközei az előrejutásnak, hanem élő-érző szereplői a történetnek. Elvesztett és megnyert csaták során hőseink tapasztalatokat szereznek, kapcsolatba lépnek és megbarátkoznak a szörnyekkel. Minden pokémon különböző szükségletekkel és tulajdonságokkal bír, azaz saját egyéniséggel rendelkezik, s ez teszi mindannyiukat emberivé. Hőseink minél inkább megértik és oktatják őket, minél jobban törődnek velük, annál több segítségre számíthatnak a pokémonoktól, hogy elérjék céljukat: a legjobbaknak járó címet.