Miután Miles és Gwen Stacy újra találkozik, Brooklyn teljes munkaidős, barátságos hőse hirtelen a multiverzumban találja magát, ahol egy csomó Pókember van, akiknek a feladata a multiverzum létezésének védelme. Ám amikor a hősök összevesznek azon, hogy hogyan kezeljenek egy új fenyegetést, Miles szembekerül a többiekkel, és egyedül indul útnak, hogy megmentse azokat, akiket a legjobban szeret.

Úgy tűnik, hogy egyszer minden szuperhőst utolér a végzete. Miután közös erővel Homokembernek, Doctor Octopusnak, Electronak, Kravennek és a Keselyűnek sikerült legyőzniük Peter Parkert, alighanem minden remény elveszhetett az emberiség számára. Szerencsére azonban itt van nekünk Miles Morales, akit szintén megcsípett egy génmódosított pók, és aki újból felveszi a harcot a bűnözéssel szemben. Ráadásul van néhány újabb trükk, na meg képesség is a tarsolyában.