A sorozat alapjául a nagy sikerrel játszott, azonos című mozifilm szolgált. A benne szereplő Csillagkapu egy ősidők óta létező titokzatos átjáró, melyen keresztül azok, akik megfejtik titkát, eljuthatnak különböző galaxisokba, expedícióra indulhatnak térben és időben egy látszólag határtalan univerzumban.

John Crichton parancsnok egy kísérleti űrutazáson vesz részt, és egy véletlen baleset következtében átkerül az univerzum egy másik oldalára - egy intergalaktikus konfliktus kellős közepébe. Moya nevű "élő hajóján" utazva Crichton sosem látott földönkívüli lényekkel találkozik, és számtalan váratlan és izgalmas kalandban lesz része.

1989-ben egy hatalmas meteor-eső pusztította el Smallville, a kansasi városka nagy részét. A katasztrófa sok-sok ember halálát okozta, Jonathan és Martha Kentet azonban egy kisfiúval ajándékozta meg, amire mindig olyan nagyon vágytak. 2001-ben fiuk, Clarke már felnőtt, és két közeli barátja van: Pete és Chloe. Szülei azonban elrejtik előle származásának titkát: azt, hogy egy űrhajó belsejében találtak rá, amikor hullott a meteoreső. Ahogy Clarknak kiteljesedik az ereje, lassanként Superman lesz belőle, és fel kell vennie a harcot a gonosszal szemben, az emberek védelmében.