Az árva, visszahúzódó 17 éves profi sógi-játékos egyre inkább előbújik rejtekéből, amikor három lánytestvére felkarolja.

A főhős, Kudó Sinicsi, 17 éves középiskolai diák. Kitűnő tanuló, társaihoz képest kiemelkedő intelligenciával, aki szabadidejében a helyi rendőrség munkáját segíti. Egyik nyomozása során egy veszélyes bűnbandát próbál meg lefülelni, ám az akció balul sül el: csapdába csalják és leütik. Ellenfelei egy kísérleti mérget adnak neki, ami nem öli meg, csak visszaformálja testét 10 évvel korábbi állapotába. Hogy elrejtse személyazonosságát támadói elől, felveszi az Edogava Conan nevet. Továbbá beköltözik gyerekkori barátjához, Móri Ranhoz, és a magánnyomozó apjához, Móri Kogoróhoz, annak reményében, hogy megtalálja a támadóit. Mivel nyomozói képességei nem változtak, tovább folytatja a bűnügyek megoldását, amiben a szomszédjától és barátjától, Agasza professzortól kapott szerkezetet segítik. Mivel gyerekként nem vennék komolyan a felnőttek, általában Móri Kogoró nevében beszél (őt elaltatja és hangmodulátor segítségével utánozza a hangját). A babérokat így Kogoró aratja le, aminek köszönhetően az ő üzlete is fellendül. Emellett Conan-nek újra be kellett iratkoznia általános iskolába, ahol három osztálytársával alkotja az Ifi Detektívek-et.

A japán Szupún obaszan szó szerinti jelentése: „Kanál néni”, ami a magyar változatban a Kalán néni nevet kapta, aki férjével, Paprika bácsival él egy kis faluban. Nyakában varázserejű kanalat hord, aminek segítségével bármikor a kanál méretére zsugorodhat, miközben a kanál megőrzi eredeti méretét, amelyet aztán az összement Kalán néninek a hátán kell magával hordania. Kalán néni egy idő után mindig visszaváltozik emberi méretére, a varázslat ideje alatt birtokolt különös adottságai azonban lehetővé teszik számára, hogy állatokkal elegyedjen beszédbe vagy csodálatos erdei kalandokat éljen át, ilyen módon pedig új és érdekes barátokat szerezzen.

Mutou Jugi egy 16 éves gimnazista fiú egyedül él nagyapjával. Kevés barátjához hasonlóan ő is rajongója egy népszerű kártyajátéknak, amit Duel Monstersnek („Szörnyek párbaja”) hívnak. Egy napon Jugit megzsarolják, méghozzá maga a kártyajáték megalkotója, Pegasus J. Crawford. A férfi felfedi Jugi előtt, hogy a nagyapjától 8 éves korábban kapott kirakója valójában egy Ezeréves Ikon, amelyet az ókori egyiptomiak alkottak meg, és természetfeletti hatalommal bír. Pegasus a bal szemén szintén visel egy ilyen ikont, és erejét demonstrálva elragadja Jugi nagyapjának lelkét. Juginak egyetlen esélye van, hogy visszaszerezze: ha benevez Pegasus Duel Monsters-tornájára, és megküzd vele a döntőben. Jugi elmegy a torna küzdőteréül szolgáló szigetre, ahova vele tartanak barátai: Dzsónócsi Kacuja, Honda Hiroto és Mazaki Anzu. Jugi idővel rájön, hogy egy halott fáraónak a szelleme lakozik a kirakójában, aki mentális erővel ruházza fel végcélja eléréséhez.