Egy évvel a negyedik világháború után járunk, amikor a kiborg és hekker tehetség Motoko Kusanagi a hadsereg 501-es titkos egységéből egy pusztító bombázás után kezd el vizsgálódni.

Az anime a távoli jövőben játszódik ahol a technika már olyan fejlett hogy az emberek akár az egész testüket képesek robotizálni persze jó pénzért illetve képesek az agyhoz mindenféle hálózatokat és programokat kötni persze ezzel együtt megnőtt a hacker veszély is akik képesek hamis emlékeket és más egyéb vírusokat ültetni az agyba illetve akár politikai információkat is képesek megszerezni... Ez a rész 2027-ben,egy évvel a negyedik nem-nukleáris háború után játszódik.

A történet az Arise után játszódik, és még mindig hozzáférési, jogosultsági gondokkal küzd Motoko csapata. Egy igen nagy volumenű nagykövetségi ügyet tekinthetünk végig, mely egy fegyveres megszállással kezdődik, de mint azt már megszokhattuk, nem minden az, aminek látszik. Itt is mélyebbre húzódnak a szálak a katonai és politikai körökben.