A 2030-as években a Földet elárasztotta a Blue, amik mutáns rovarszerű lényekként betakarítják és elpusztítják az embereket. A túlélő emberi faj nagy része a Második Földre költözött, amely hatalmas űrhajóként a bolygó körül kering. Marlene egy katonai akció tagja, ami ú.n. Alvó embereket próbál kimenteni. Az egyik akció balul sül el és egy Yuji nevű fiú felébred az alvásból. Végül minden bajtársukat elveszítik a szörnyek ellen. Yuji-nak és Marlene-nek sok nehézségen át meg kell tanulniuk együttműködni... Szörnyek, halál, vérengzés között - egy érzelemmentesen elszeparált posztapokaliptikus világban.

A 21. században járunk, mikor a technikai fejlődés észveszejtő sebességgel tágítja a lehetőségek körét, immár túl az emberin is. Az új lehetőségekkel azonban egészen új típusú bűntények jelennek meg. Vegyük mindjárt a titokzatos hackert, a "Kacagó Ember"-t, aki onnan kapta ezt a nevet, hogy évekkel ezelőtt elrabolt egy vállalati vezetőt, de hogy eltakarja saját arcát, digitálisan egy sematikus vigyorgó ábrát tett a feje elé. A legelképesztőbb bűnesetek felderítésére létrehoztak egy különleges ügynökséget, a Kusanagi Motoko őrnagy vezette 9-es szekciót, melynek főnöke a csavaros eszű Aramaki, s tagjai Batou a néha viccelődő kemény legény, Togusa a családos helyszíni nyomozó, Ishikawa a háttérinformációk gyűjtője, Saito a mesterlövész, Boma a hallgatag robbantási szakértő, s a meglehetősen sötét Pazu.

A legendák szerint létezik egy titokzatos tárgy, amely többszörösére növeli használója erejét; egy tárgy, amelynek segítségével áthághatók a tudomány és természet szabta határok. Egy vérvörösen csillogó kő, amelynek titkát évszázadok óta kutatják az alkímia mesterei: a Bölcsek Köve. Sokan próbálták már létrehozni, de eddig még senki nem járt sikerrel. Most azonban két nagyon fiatal és tehetséges alkimista eredt a nyomába, akiknek célja nem a hatalom vagy a hírnév. Edward és Alphonse Elric egy szörnyű hibát próbálnak helyrehozni, ám tudtukon kívül olyan veszélyes játszmába keverednek, amelyben nem csak a saját sorsuk a tét, hanem több millió ember élete is. A teremtő erőt csak egy hajszál választja el a pusztítótól, a Bölcsek Köve pedig olyan eszköz, amely még jó kezekben is veszélyes lehet. Az Elric testvérek pedig még nem sejtik, miféle teher nyugszik a vállukon.

Az engedély nélküli, de zseniális orvos, Black Jack kalandjait követhetjük nyomon, aki rendkívüli emberekkel és jelenségekkel találkozik, miközben szokatlan orvosi eseteket lát el.