Két és fél év telt el azóta, hogy Naruto elhagyta Konoha faluját, hogy Jiraiya mellett folytassa ninjatanulmányait, épp itt az ideje, hogy vissza is térjen. Vele együtt visszatér az Akatsuki szervezete is, nekilátnak világmegváltó tervük megvalósításának, a Bijuu-k begyűjtésének. Konohába segélykérő levél érkezik Homok faluból, hogy az akkor már kazekagévá előlépett Gaara-t elrabolta az Akatsuki. Naruto és társai egyből sietnek megmentésére, valamint a Sasuke utáni hajtóvadászatot is folytatják.

12 évvel ezelőtt egy kilenc farkú rókadémon(Kyuubi) tartotta rettegésben a Hidden Leaf falut (Konohagakure). A démon olyan erős volt, hogy egyetlen farkának egyetlen suhintásával hegyeket tudod eltüntetni vagy szökőárokat tudott előidézni. A szörny rengeteg ember mészárolt le, azonban a negyedik Hokagenak, saját életét feláldozva, sikerült elzárnia őt egy újszülött fiú testébe. Ez a fiú Uzumaki Naruto volt. Származása jelenleg még nem ismert. A negyedik Hokaget (Yondaime Hokage) hősként ünnepelték a Kyubi elzárásáért. Ő azt szerette volna, hogy Naruto is ebben a megtiszteltetésben nőjön fel mint a kilenc farkú "tárolója". Azonban a falú lakói magát a démont látták a fiúban, ezért féltek tőle és kiközösítették. Bár a harmadik Hokage megtiltotta a falu lakóinak, hogy beszéljenek arról, amit tudnak. Még a saját gyerekeiknek sem mondhatták el a 12 évvel ezelőtt történteket. Azonban szüleik Naruto felé tanusított viselkedésükből a gyerekek is elkezdtek ellenségesen viselkedni a fiúval. Naruto így barátok, család és elismerés nélkül nőtt fel. Nem erőltethette azt, hogy az emberek barátkozannak vele, így máskép kellett magát észrevetettni. Ezt csínytevésekkel próbálta elérni. Ez azonban megváltozott, amikor hivatalosan is nindzsa lett. Ezt a Többszörös Árnyék Klón technika (Multiple Shadow Clone Technique (Kage Bunshin no Jutsu)) alkalmazásával érte el, amikor megmentette mesterét Umuino Irukat az áruló nindzsa Mizuki karmaiből. Ez a kaland két dologra ébresztette rá Narutot, az egyik, hogy benne lakozik a kilenc farkú rókadémon, a másik pedig, hogy volt aki törödött vele (Iruka és a harmadik Hokage). Naruto nindzsává válása indítja el az események folyamát.