Egy alakváltó, emberevő démon jut be Raki falujába, és egy ezüstszemű lány, Clare menti meg őket. A lány egy claymore, félig ember, félig pedig az általa kinyírt démon hibridje, és kifejezetten azzal a céllal készült társaival együtt, hogy megvédjék az emberiséget. Raki ugyan túlélte, de a szülei meghaltak, és más választása nem lévén, csatlakozik Clare-hez. Városról városra vándorolnak, és a fiú egyre több mindent tud meg a lányról, és a titokzatos szervezetről, mely létrehozta.

12 évvel ezelőtt egy kilenc farkú rókadémon(Kyuubi) tartotta rettegésben a Hidden Leaf falut (Konohagakure). A démon olyan erős volt, hogy egyetlen farkának egyetlen suhintásával hegyeket tudod eltüntetni vagy szökőárokat tudott előidézni. A szörny rengeteg ember mészárolt le, azonban a negyedik Hokagenak, saját életét feláldozva, sikerült elzárnia őt egy újszülött fiú testébe. Ez a fiú Uzumaki Naruto volt. Származása jelenleg még nem ismert. A negyedik Hokaget (Yondaime Hokage) hősként ünnepelték a Kyubi elzárásáért. Ő azt szerette volna, hogy Naruto is ebben a megtiszteltetésben nőjön fel mint a kilenc farkú "tárolója". Azonban a falú lakói magát a démont látták a fiúban, ezért féltek tőle és kiközösítették. Bár a harmadik Hokage megtiltotta a falu lakóinak, hogy beszéljenek arról, amit tudnak. Még a saját gyerekeiknek sem mondhatták el a 12 évvel ezelőtt történteket. Azonban szüleik Naruto felé tanusított viselkedésükből a gyerekek is elkezdtek ellenségesen viselkedni a fiúval. Naruto így barátok, család és elismerés nélkül nőtt fel. Nem erőltethette azt, hogy az emberek barátkozannak vele, így máskép kellett magát észrevetettni. Ezt csínytevésekkel próbálta elérni. Ez azonban megváltozott, amikor hivatalosan is nindzsa lett. Ezt a Többszörös Árnyék Klón technika (Multiple Shadow Clone Technique (Kage Bunshin no Jutsu)) alkalmazásával érte el, amikor megmentette mesterét Umuino Irukat az áruló nindzsa Mizuki karmaiből. Ez a kaland két dologra ébresztette rá Narutot, az egyik, hogy benne lakozik a kilenc farkú rókadémon, a másik pedig, hogy volt aki törödött vele (Iruka és a harmadik Hokage). Naruto nindzsává válása indítja el az események folyamát.

A legendák szerint létezik egy titokzatos tárgy, amely többszörösére növeli használója erejét; egy tárgy, amelynek segítségével áthághatók a tudomány és természet szabta határok. Egy vérvörösen csillogó kő, amelynek titkát évszázadok óta kutatják az alkímia mesterei: a Bölcsek Köve. Sokan próbálták már létrehozni, de eddig még senki nem járt sikerrel. Most azonban két nagyon fiatal és tehetséges alkimista eredt a nyomába, akiknek célja nem a hatalom vagy a hírnév. Edward és Alphonse Elric egy szörnyű hibát próbálnak helyrehozni, ám tudtukon kívül olyan veszélyes játszmába keverednek, amelyben nem csak a saját sorsuk a tét, hanem több millió ember élete is. A teremtő erőt csak egy hajszál választja el a pusztítótól, a Bölcsek Köve pedig olyan eszköz, amely még jó kezekben is veszélyes lehet. Az Elric testvérek pedig még nem sejtik, miféle teher nyugszik a vállukon.

Két és fél év telt el azóta, hogy Naruto elhagyta Konoha faluját, hogy Jiraiya mellett folytassa ninjatanulmányait, épp itt az ideje, hogy vissza is térjen. Vele együtt visszatér az Akatsuki szervezete is, nekilátnak világmegváltó tervük megvalósításának, a Bijuu-k begyűjtésének. Konohába segélykérő levél érkezik Homok faluból, hogy az akkor már kazekagévá előlépett Gaara-t elrabolta az Akatsuki. Naruto és társai egyből sietnek megmentésére, valamint a Sasuke utáni hajtóvadászatot is folytatják.

Avarrejtek a béke időszakába egy új modern korszakba lépett. Hatalmas épületek, óriás kivetítők jellemzik a falut, ahol a különböző kerületeket vasút köti össze. Bár még mindig nindzsa falu, a civilek száma megnőtt és a nindzsák élete is változóban. A hetedik hokage Uzumaki Naruto fia, Boruto az apja nyomdokaiba lépett és a nindzsa akadémia diákja. A többi diák a „hokage fia” -ként kezeli de eltökélt szándéka, hogy kalandjai során apja árnyékából kilépve baráti kötelékeket építsen és a saját útját járva nyomot hagyjon a nindzsa világban.

Szülei elvesztése után egy fiatal lány a gyászról és a gyógyulásról tanul egy barátságos szellemtől, aki nagyanyja hagyományos japán fogadójában él.

Asta egy árvaházban nevelkedett fiatal fiú, aki arról álmodozik, hogy egy napon a legelismertebb varázsló lesz az egész királyságban. Az egyetlen bökkenő, hogy hősünknek egyáltalán nincs tehetsége a mágiához. Szerencséjére a birtokába kerül egy rendkívül ritka, az ötlevelű lóhere varázskönyve, ami lehetővé teszi számára az anti-mágia használatát. De vajon ennyi elegendő lesz a töretlen lelkesedéssel rendelkező srácnak, hogy lépést tartson gyermekkori barátjával, a nagy varázserővel rendelkező Junóval, és a varázslók királyává váljon?

A Haláltjártként feléledő Ethán célja, hogy elpusztítsa a sárkányt, amely összetörte a szívét, de minél több démonnal küzd meg, annál jobban elveszik emberi mivolta.

Miután visszaköltözött Japánba külföldről, Rinku Aimoto beiratkozik a Yoba Akadémiára, ahol a DJ-k népszerűek. Mélyen meghatotta egy DJ-koncert, amit ott látott, és úgy döntött, hogy saját csapatot alkot Maho Akashival, Muni Ohnarutóval és Rei Togetsuval. Miközben egymásra hatnak a többi DJ-egységgel, mint a Peaky P-key és a Photon Maiden, Rinku és barátai a nagyszínpadra törekszenek!

A médium, Asakura Yoh részt vesz egy 500 évente megrendezett küzdelemben a többi sámánnal együtt, hogy ő legyen a mindenható sámánkirály.

Hayase Nagatoro középiskolás szereti a szabadidejét egy dologgal tölteni, ez pedig a felsőbbévese zaklatása! Miután Nagatoro és barátai rábukkannak a törekvő művész rajzaira, élvezetet találnak abban, hogy könyörtelenül zaklatják a félénk senpait. Nagatoro elhatározza, hogy folytatja kegyetlen játékát, és naponta meglátogatja felsőbbévesét, hogy arra kényszerítse, hogy abban az időben, amikor csak akarja mindent megtegyen, ami éppen érdekli, különösen, ha ettől kényelmetlenül érzi magát.