12 évvel ezelőtt egy kilenc farkú rókadémon(Kyuubi) tartotta rettegésben a Hidden Leaf falut (Konohagakure). A démon olyan erős volt, hogy egyetlen farkának egyetlen suhintásával hegyeket tudod eltüntetni vagy szökőárokat tudott előidézni. A szörny rengeteg ember mészárolt le, azonban a negyedik Hokagenak, saját életét feláldozva, sikerült elzárnia őt egy újszülött fiú testébe. Ez a fiú Uzumaki Naruto volt. Származása jelenleg még nem ismert. A negyedik Hokaget (Yondaime Hokage) hősként ünnepelték a Kyubi elzárásáért. Ő azt szerette volna, hogy Naruto is ebben a megtiszteltetésben nőjön fel mint a kilenc farkú "tárolója". Azonban a falú lakói magát a démont látták a fiúban, ezért féltek tőle és kiközösítették. Bár a harmadik Hokage megtiltotta a falu lakóinak, hogy beszéljenek arról, amit tudnak. Még a saját gyerekeiknek sem mondhatták el a 12 évvel ezelőtt történteket. Azonban szüleik Naruto felé tanusított viselkedésükből a gyerekek is elkezdtek ellenségesen viselkedni a fiúval. Naruto így barátok, család és elismerés nélkül nőtt fel. Nem erőltethette azt, hogy az emberek barátkozannak vele, így máskép kellett magát észrevetettni. Ezt csínytevésekkel próbálta elérni. Ez azonban megváltozott, amikor hivatalosan is nindzsa lett. Ezt a Többszörös Árnyék Klón technika (Multiple Shadow Clone Technique (Kage Bunshin no Jutsu)) alkalmazásával érte el, amikor megmentette mesterét Umuino Irukat az áruló nindzsa Mizuki karmaiből. Ez a kaland két dologra ébresztette rá Narutot, az egyik, hogy benne lakozik a kilenc farkú rókadémon, a másik pedig, hogy volt aki törödött vele (Iruka és a harmadik Hokage). Naruto nindzsává válása indítja el az események folyamát.

A legendák szerint létezik egy titokzatos tárgy, amely többszörösére növeli használója erejét; egy tárgy, amelynek segítségével áthághatók a tudomány és természet szabta határok. Egy vérvörösen csillogó kő, amelynek titkát évszázadok óta kutatják az alkímia mesterei: a Bölcsek Köve. Sokan próbálták már létrehozni, de eddig még senki nem járt sikerrel. Most azonban két nagyon fiatal és tehetséges alkimista eredt a nyomába, akiknek célja nem a hatalom vagy a hírnév. Edward és Alphonse Elric egy szörnyű hibát próbálnak helyrehozni, ám tudtukon kívül olyan veszélyes játszmába keverednek, amelyben nem csak a saját sorsuk a tét, hanem több millió ember élete is. A teremtő erőt csak egy hajszál választja el a pusztítótól, a Bölcsek Köve pedig olyan eszköz, amely még jó kezekben is veszélyes lehet. Az Elric testvérek pedig még nem sejtik, miféle teher nyugszik a vállukon.

Két és fél év telt el azóta, hogy Naruto elhagyta Konoha faluját, hogy Jiraiya mellett folytassa ninjatanulmányait, épp itt az ideje, hogy vissza is térjen. Vele együtt visszatér az Akatsuki szervezete is, nekilátnak világmegváltó tervük megvalósításának, a Bijuu-k begyűjtésének. Konohába segélykérő levél érkezik Homok faluból, hogy az akkor már kazekagévá előlépett Gaara-t elrabolta az Akatsuki. Naruto és társai egyből sietnek megmentésére, valamint a Sasuke utáni hajtóvadászatot is folytatják.

A videojáték-zseni segít egy új technológia létrehozásában, amellyel a játékos a saját testével irányíthatja online avatarját – de a játék egy sötét csavart tartogat.

Baki rengeteg erős ellenfelet legyőzött, és végre eljött az ideje, hogy szembeszálljon az apjával, a Föld legerősebb lényével. A harc előtt Baki felkeresi Bicuit Olivát, hogy gyakorolhasson, ő azonban a Fekete Pentagon nevű börtönben sínylődik, ahol a legerőszakosabb bűnözőket tartják fogva. Annak érdekében, hogy harcolhassanak, Baki bebörtönözteti magát a Fekete Pentagonban. Viszont a kiválasztott edzőpartneren kívül rengeteg szörnyű harcos is várja őt az intézményben.

A történet valamikor a távoli jövőben játszódik, amikor az emberiség már elhagyta a katasztrófa sújtotta Földet, és benépesítette a Naprendszert. A bolygóközi társadalomban elharapódzó bűnözéssel szemben az Intergalaktikus Rendőrség már kevésnek bizonyul, a korrupciótól tehetetlen rendőrség bevezeti az akár milliós végösszegű vérdíjakat, és megkezdődik a fejvadászok, vagy ahogy ők magukat hívják a cowboyok kora. A főszereplők is ilyen fejvadászok, akik akarva-akaratlanul egymásra lesznek utalva, miközben bolygóról bolygóra repülnek a „nagy fogás” reményében, a galaxis legfurább figuráival akadnak össze, de lassacskán fény derül a múltjuk sötétebb titkaira is, amikkel szembe kell nézniük.