2199-ben, öt évvel a Gamiloniaiak támadása után a megmaradt emberiség a föld alá kényszerült, hogy biztonságban legyenek a sugárzott földtől. Egy nap, az egykori pilóta, Susumu Kodai felfedez egy kapszulát, ami az Iscandar bolygóról származik, és ami megmutatja, hogy lehet eltávolítani a sugárzást a Föld felszínéről. Az Earth Defense Force újraépíti a csatahajóját, majd elindulnak az Iscandar bolyóra, reménykedve abban, hogy megmenthetik a Földet, vagy egy éven belül kihal ez emberiség.

Tahara Mika egy átlagos iskolás lány, aki tényleg szeretne már igazán szerelmes lenni. Egy nap elveszíti a mobilját, amit valaki az iskolai könyvtár egy polcán hagy ott neki. A titokzatos megtaláló nem hajlandó elárulni ki ő, csak annyit tudunk róla, hogy az iskola egy fiú diákjáról van szó, aki hívásaival folyamatosan zaklatja a lányt. Mikát kezdetben idegesíti a srác, de hamarosan elkezd érdeklődni iránta, és attól kezdve gyakran órákig lógnak a telefonon. Mikor azonban végre egy személyes találkozóra is sor kerül, Mikát hideg zuhanyként éri, hogy telefonos hercege valójában az iskola rossz fiúja, a szőke hajú, lázadó természetű Hiro.