SEELE nem hagyja annyiba a NERV sikereit. Támadást indít a központ ellen. Nem bízzák a véletlenre, ugyanis minden egységüket a központra küldik. Shinji megtörve elbújik a NERV központban a többiek elől. Miután a katonák bejutnak a létesítménybe, kíméletlenül elintéznek mindenkit, akik az útjukba állnak. A feladatuk a három pilóta likvidálása (Shinji, Rei, Asuka). Misato Shinji keresésére indul, de a SEELE beveti a titkos fegyverét, az UNIT 05-ket. Ezek a gépek már pilóták nélkül működnek. Asuka az EVA 02-vel felveszi a harcot ellenük. A feszültség egyre fokozódik, amikor is a harc közepette valami megváltozik. Valami, amit eddig soha nem éreztek. Vajon Misato idejében megtalálja Shinjit, és sikerül-e a NERV-nek visszaverni a támadást? De az egyszer biztos, a döntés ismét Shinji kezébe kerül!

Ikari Shinji egy átlagos, 14 éves fiúnak mondhatta magát egészen addig, amíg meghívást nem kapott, hogy utazzon el a Tokyo 3-ban lévő NERV központba. Meg is tette a hosszú távot, hogy újra láthassa édesapját, aki annak a központnak a parancsnoka. De megérkezése nem zajlik zökkenőmentesen. Megpillant egy hatalmas lényt, melyet Angyalnak hívnak. Itt találkozik Misatóval, egy csinos hölggyel, aki elviszi őt a központba. Mint utóbb kiderül, az apja csak azért hívatta, hogy egy óriásrobotot vezessen, melyet Evangelion-nak hívnak. Mint később kiderül, még egy Eva létezik. Ezek a szerkezetek az egyetlenek, amik felvehetik az Angyalok ellen a harcot. Irányítani csak 14 éves gyerekek tudják, mert csak ők tudnak összehangolódni az Eva-kkal. Shinji eleinte nem akarja elvállalni, de amint meglátja, hogy apja képes egy sérült lányt a neki szánt Evangelion-ba ültetni, meggondolja magát és kezébe veszi a sorsát.

A második rész a NERV sarkvidéki bázisán, a Bethany Base-en kezdődik. Rögtön az anime elején megismerhetjük az új szereplőt, Makinami Mari Illustrious-t, az új EVA UNIT-05 pilótáját, aki a bázis alatt harcol a Harmadik Angyal ellen. Eközben Japánban Ikari Shinji édesanyja sírját látogatja meg apjával. Útközben hazafelé Misatóval értesülnek a Hetedik Angyal támadásáról, miközben a UNIT-02 légi úton megérkezik Németországból, és rögvest felveszi a harcot az Angyallal. Pilótája a Second Children, Shikinami Asuka Langley százados. Vele egyidőben Ryoji Kaji is megérkezik

A Black Jack movie Osamu Tezuka mangája alapján készült. Főszereplője Kuro Hazama, vagy ismertebb nevén Black Jack, egy hihetetlenül tehetséges sebész, aki nem rendelkezik orvosi képzettséggel, mégis óriási összegekért hívják világszerte olyan páciensekhez, akiket egy átlagos orvos képtelen lenne megmenteni. Black Jack titokzatos figura, visszavonultan él a házában, egy Pinoko nevű kislánnyal. A movie története az úgynevezett szuper-emberek körül forog. Az éppen zajló olimpiai játékokon érdekes módon hirtelen több új világrekord is születik: egy magasugró megdönti a rekordot, majd egy női futó megdönti a férfiak rekordját is. Később mindenfelé feltűnnek a kiemelkedő tehetségek: Festők, zenészek, sportolók, akik az emberiség addig stabilnak hitt korlátait sorra döntik le. Ezzel új korszak kezdődik: a szuper-emberek korszaka, egy új evolúciós lépcső. Legalábbis a legtöbben ezt hiszik.

Meier Link, a vámpír elrabolja Charlotte-ot, a nagyhatalmú, gazdag földesúr ifjú leányát. Az apa felbéri D-t, a titokzatos vámpírvadászt, hogy hozza vissza a lányát- vagy ölje meg, ha már túl késő… Majd közli vele, hogy egy másik, emberekből álló vadászcsapatot is a vámpír után küldött. Kegyetlen verseny indul a vérdíjért és a trófeáért, melyben Charlotte maguknak a halandóknak sem lesz több, mint beszélő kulcs a megígért összeghez: élve, vagy halva.