A történet különleges képességekről szól, amelyet néhány serdülőkori fiú és lány birtokol. Otosaka Yuu eltitkolja az erejét mások elől, és arra használja ezt, hogy sikerüljön "tökéletes" iskolás életet élnie. Azonban egyszer csak találkozik egy Tomori Nao nevezetű lánnyal. Ennek a találkozásnak hála a különleges képességekkel rendelkezők sorsa lelepleződik.

A történet valamikor a távoli jövőben játszódik, amikor az emberiség már elhagyta a katasztrófa sújtotta Földet, és benépesítette a Naprendszert. A bolygóközi társadalomban elharapódzó bűnözéssel szemben az Intergalaktikus Rendőrség már kevésnek bizonyul, a korrupciótól tehetetlen rendőrség bevezeti az akár milliós végösszegű vérdíjakat, és megkezdődik a fejvadászok, vagy ahogy ők magukat hívják a cowboyok kora. A főszereplők is ilyen fejvadászok, akik akarva-akaratlanul egymásra lesznek utalva, miközben bolygóról bolygóra repülnek a „nagy fogás” reményében, a galaxis legfurább figuráival akadnak össze, de lassacskán fény derül a múltjuk sötétebb titkaira is, amikkel szembe kell nézniük.

A főhős, Kudó Sinicsi, 17 éves középiskolai diák. Kitűnő tanuló, társaihoz képest kiemelkedő intelligenciával, aki szabadidejében a helyi rendőrség munkáját segíti. Egyik nyomozása során egy veszélyes bűnbandát próbál meg lefülelni, ám az akció balul sül el: csapdába csalják és leütik. Ellenfelei egy kísérleti mérget adnak neki, ami nem öli meg, csak visszaformálja testét 10 évvel korábbi állapotába. Hogy elrejtse személyazonosságát támadói elől, felveszi az Edogava Conan nevet. Továbbá beköltözik gyerekkori barátjához, Móri Ranhoz, és a magánnyomozó apjához, Móri Kogoróhoz, annak reményében, hogy megtalálja a támadóit. Mivel nyomozói képességei nem változtak, tovább folytatja a bűnügyek megoldását, amiben a szomszédjától és barátjától, Agasza professzortól kapott szerkezetet segítik. Mivel gyerekként nem vennék komolyan a felnőttek, általában Móri Kogoró nevében beszél (őt elaltatja és hangmodulátor segítségével utánozza a hangját). A babérokat így Kogoró aratja le, aminek köszönhetően az ő üzlete is fellendül. Emellett Conan-nek újra be kellett iratkoznia általános iskolába, ahol három osztálytársával alkotja az Ifi Detektívek-et.

Egy nyomozó, aki közbiztonsági ügynök és egy sötét szervezet tagja is egyben, próbálja összeegyeztetni hármas identitását a „Conan, a detektív” testvérsorozatában.