Két és fél év telt el azóta, hogy Naruto elhagyta Konoha faluját, hogy Jiraiya mellett folytassa ninjatanulmányait, épp itt az ideje, hogy vissza is térjen. Vele együtt visszatér az Akatsuki szervezete is, nekilátnak világmegváltó tervük megvalósításának, a Bijuu-k begyűjtésének. Konohába segélykérő levél érkezik Homok faluból, hogy az akkor már kazekagévá előlépett Gaara-t elrabolta az Akatsuki. Naruto és társai egyből sietnek megmentésére, valamint a Sasuke utáni hajtóvadászatot is folytatják.

A 21. században járunk, mikor a technikai fejlődés észveszejtő sebességgel tágítja a lehetőségek körét, immár túl az emberin is. Az új lehetőségekkel azonban egészen új típusú bűntények jelennek meg. Vegyük mindjárt a titokzatos hackert, a "Kacagó Ember"-t, aki onnan kapta ezt a nevet, hogy évekkel ezelőtt elrabolt egy vállalati vezetőt, de hogy eltakarja saját arcát, digitálisan egy sematikus vigyorgó ábrát tett a feje elé. A legelképesztőbb bűnesetek felderítésére létrehoztak egy különleges ügynökséget, a Kusanagi Motoko őrnagy vezette 9-es szekciót, melynek főnöke a csavaros eszű Aramaki, s tagjai Batou a néha viccelődő kemény legény, Togusa a családos helyszíni nyomozó, Ishikawa a háttérinformációk gyűjtője, Saito a mesterlövész, Boma a hallgatag robbantási szakértő, s a meglehetősen sötét Pazu.

A D.Gray-man egy képzeletbeli 19. század végi világban játszódik, főhőse a 15 éves Allen Walker, akinek bal karja képes hatalmas karommá átalakulni és elpusztítani a démonokat (悪魔; akuma?), azokat a fejlődésre képes lényeket, amiket az Ezeréves Gróf (伯爵; Hakuszaku, angol nyelvterületen Millenium Earl?) hozott létre, hogy elpusztíthassa az emberiséget. Mestere, Cross Marian tábornok utasítására Allen csatlakozik a Fekete Rendhez, mint ördögűző. Az ördögűzők felelősek a démonok elpusztításáért. Az Ártatlanság néhány szilánkja A Rendnél Allen megtanulja, hogy hogyan használhatja bal szemét a démonok érzékelésére. Azt a feladatot kapja, hogy segítse összegyűjteni az Ártatlanság (イノセンス; Inoszenszu; Hepburn-átírással: Inosensu?; Innocence), egy természetfeletti erővel rendelkező anyag 109 szétszóródott darabját, amik erőt adnak az ördögűzőknek a démonok elpusztításához. A Gróf összehívja a Noékat, akik a bibliai Noé szuperképességekkel rendelkező leszármazottjai, és képesek elpusztítani az Ártatlanságot. Mindkét oldal elkezdi a keresést a Nagy Szív (ハート; Háto; Hepburn-átírással: Hāto?; Heart) után, ami az Ártatlanság legerősebb darabja, és amelyik fél hamarabb megtalálja, azé a győzelem. A keresés alatt a Gróf elkezdi a tábornokok megölését, akik a legerősebb ördögűzők. A tábornokok megvédése érdekében a Rend a főhadiszállásra hívja őket, Allent pedig három társával az eltűnt Cross Marian felkutatására küldi. A történet során Allen és Lenalee Lee többször majdnem meghaltak, de az Ártatlanságuk megmentette őket, amitől a Gróf, a Krónikás és annak tanítványa, Lavi úgy vélik, hogy Allen vagy Lenalee ártatlansága a Nagy Szív. Ezalatt a Rend és Allen is rájön, hogy a 14. Noé, aki elárulta a Grófot, majd az megölte őt, emlékeit Allenbe ültette. Ezért a Rend úgy gondolja, hogy Allen el fogja őket árulni, a Gróf pedig a saját oldalára akarja állítani a fiút.

Miután megütött egy híres kurátort, aki a munkáját "tankönyvi és élettelennek" nevezte, Handa Seishuu-t a Gotō-szigetre küldik, hogy megnyugtassa az idegeit és új ihletet találjon kalligráfiájához. Habár egész életében a városban nőtt fel, Handának alkalmazkodnia kell a vidéki élethez, miközben különféle különc emberekkel találkozik kinevezése során.

A legendák szerint létezik egy titokzatos tárgy, amely többszörösére növeli használója erejét; egy tárgy, amelynek segítségével áthághatók a tudomány és természet szabta határok. Egy vérvörösen csillogó kő, amelynek titkát évszázadok óta kutatják az alkímia mesterei: a Bölcsek Köve. Sokan próbálták már létrehozni, de eddig még senki nem járt sikerrel. Most azonban két nagyon fiatal és tehetséges alkimista eredt a nyomába, akiknek célja nem a hatalom vagy a hírnév. Edward és Alphonse Elric egy szörnyű hibát próbálnak helyrehozni, ám tudtukon kívül olyan veszélyes játszmába keverednek, amelyben nem csak a saját sorsuk a tét, hanem több millió ember élete is. A teremtő erőt csak egy hajszál választja el a pusztítótól, a Bölcsek Köve pedig olyan eszköz, amely még jó kezekben is veszélyes lehet. Az Elric testvérek pedig még nem sejtik, miféle teher nyugszik a vállukon.

Anos Voldigoad, a Zsarnokság Démonkirálya sorra aratta a győzelmeket az emberek, a szellemek, még az istenek felett is. De egy idő után még egy legyőzhetetlen démonkirálynak is elege lehet a folyamatos harcból. Úgy dönt, hogy egy időre megszűnik létezni a világban és 2000 évvel később reinkarnálódik, egy olyan jövőben, ahol általános béke uralkodik, a világ lakói és a mágiájuk egyaránt elgyengültek. Mikor az ifjú Anos beiratkozik a Démonkirályi Akadémiára, a mérhetetlen mágikus ereje miatt rögtön bajkeverőnek állítják be, és így kell kivívnia a neki járó tiszteletet.