A Singeki no kjodzsin egy olyan világban játszódik, ahol az emberiség magas falakkal körülvett városokban elzárkózva él, mivel a falakon kívül titánok, óriási emberszerű lények falják fel őket, minden ok nélkül. A történet középpontjában Eren Yeager, és gyermekkori barátai Mikasa Ackerman valamint Armin Arlert állnak, akik élete örökre megváltozik a Kolosszális Titán megjelenésével, aki szülővárosuk lerombolását és Eren édesanyjának a halálát is okozza. Eren megesküszik, hogy bosszút fog állni, és visszaszerzi a titánoktól az emberiség szabadságát. Ennek megvalósításához Mikasával és Arminnal együtt csatlakozik a Felderítő Egységhez, ahhoz az elit csapathoz, akik a falakon kívül harcolnak a titánok ellen.

A közeli jövőben egy dimenziókapu nyílik Tokió bevásárlónegyedének közepén, amin keresztül elözönlik a városrészt a különböző mitikus lények. A Japán Védelmi Haderő komoly áldozatok árán, de sikeresen visszaveri a szörnyek invázióját, majd egy több hónapos felkészülést követően átküldenek a Kapun egy teljes ezredet, hogy elejét vegyék egy újabb inváziónak és információkat gyűjtsenek a klasszikus fantasyba illő világról.

A közeli jövőben egy dimenziókapu nyílik Tokió bevásárlónegyedének közepén, amin keresztül elözönlik a városrészt a különböző mitikus lények. A Japán Védelmi Haderő komoly áldozatok árán, de sikeresen visszaveri a szörnyek invázióját, majd egy több hónapos felkészülést követően átküldenek a Kapun egy teljes ezredet, hogy elejét vegyék egy újabb inváziónak és információkat gyűjtsenek a klasszikus fantasyba illő világról.

Orario városa alatt egy hatalmas labirintus húzódik. Bell Cranel, a kalandor megismerkedik Hestia Istennővel, melyet követően együtt lépnek rá a vágyak útjára: míg Carnel a legnagyobb kalandor címére pályázik, Hestia, a magányos istennő követőket szeretne.

A történet egy évvel a Chaos;Head (a készítők előző játéka) eseményei után veszi kezdetét, ám a cselekmény ezúttal nem Shibuyában, hanem az otakuk paradicsomában, Akihabarában játszódik. Okabe Rintarō, egy magát őrült tudósnak valló 18 éves férfi társaival, Shiina Mayurival, a kissé dilisnek tűnő leányzóval és Hashida Itaruval, a túlsúlyos hackkerrel közösen egy műszaki szaküzlet második emeletén kiépítenek egy meglehetősen primitív „laboratóriumot”, hogy bizonyíthassák, az időutazás igenis lehetséges. Eleinte ugyan egyszerű mókának tűnik a dolog, ám hamarosan furcsa eseménysorozat játszódik le Okabe közvetlen környezetében: a levegő vibrálni kezd, Akihabara lakói eltűnnek, majd újból felbukkannak, egy különös műhold csapódik a helyi rádióállomásba, valamint egy, Okabe szeme láttára meggyilkolt lány (Makise Kurisu) tűnik fel ismét az élők világában.