A 2131-es évben járunk, egy posztapokaliptikus világban. Néhány gerilla egy önjáró tankot vesz célba, de befut néhány robot is. Beindul a gépágyú a tankon, céljuk felé száguldanak a golyók, Deunan, a zöld szemű amazon pedig akrobatikázik, tüzel és üt - mikor melyiket tartja szükségesnek. Aztán befut a felmentő sereg, az ES.W.A.T.. és hősnönket elviszik Olymposba, ami a görög mitológiában az istenek lakhelye, azonban itt az emberek és biodroidok utópiája. A biodroidok afféle klónok, akiket mesterségesen úgy alakítottak, hogy fejletebb képességeik legyen, de az érzelmeiket korlátozták. Sok ember bennük látja a végítéletet, az emberiség végét, ezért sokan ellenük is vannak, néhányan pedig a megsemmisítésükre törekszik élükön az Olymposi hadsereg ezredese áll. A megoldás az Almamag kódban keresendő, de sajnos az évek során elveszett. Aki megtalálja hatalmas tudáshoz és hatalomhoz jutna általa. Deunan-nak pedig ebben nagy szerepe van.

A misztikus Hourai-jima vagy angolul Haurai-sziget 50 év után újra elõtűnik a semmibõl, ám négy harcos istenség átka miatt képtelenség megközelíteni és onnan bentről elhagyni is. A szigeten élõ féldémon gyermekek végül úgy döntenek, hogy közülük a legfiatalabbat elküldik a külsõ világba segítségért. A kis Ai a véletlen folyamán pont Inuyashá-ékba botlik bele, így tõlük kér segítséget. Inuyasha és Kikyo 50 évvel korábban már jártak a szigeten és harcoltak is a Háború Négy Istenével. Shesshomaru-nak szintén nézeteltérése támad az egyik istennel, így magától értetõdõen - a saját útját egyedül járva - õ sem marad ki a misztikus sziget sötét titkának felfedésébõl.

Míg Sakura belefullad az elkövetett bűnök zavaros sötétségébe, Shirou fogadalma, hogy mindenáron megvédi őt, tomboló csatába vezeti, hogy véget vessen a Szent Grál háborújának. Vajon Shirou kívánsága eljut-e Sakuráig, miközben kétségbeesett csatában küzd a növekvő áradat ellen és kihívja maga ellen a sorsot?