Egy végzős diák és egy mérnök, akiket egy rejtélyes dal hozott össze, felveszik a harcot egy felfoghatatlan erő ellen, amely romlásba akarja dönteni a világot.

2199-re az emberiséget föld alatti menedékekbe kényszerítette a Gamilos faj elleni vesztes háború. A tudósok becslése alapján már csak egy év van hátra a kipusztulásig. Fiatal tisztek egy titokzatos kapszulát kapnak a Marson kényszerlesszállást végrehajtott ismeretlen űrhajóról. A kapszula az emberiség utolsó reménysugara: a Magellán galaxis túloldalán lévő Iscandar bolygó olyan fejlett technológiával rendelkezik ami segíthet legyőzni a Gamilókat és helyreállítani a Földet. A Yamato űr csatahajó küldetése, hogy a hátralévő egy év alatt eljusson az Iscandarra és ezzel megmentse az emberiséget.

A D.Gray-man egy képzeletbeli 19. század végi világban játszódik, főhőse a 15 éves Allen Walker, akinek bal karja képes hatalmas karommá átalakulni és elpusztítani a démonokat (悪魔; akuma?), azokat a fejlődésre képes lényeket, amiket az Ezeréves Gróf (伯爵; Hakuszaku, angol nyelvterületen Millenium Earl?) hozott létre, hogy elpusztíthassa az emberiséget. Mestere, Cross Marian tábornok utasítására Allen csatlakozik a Fekete Rendhez, mint ördögűző. Az ördögűzők felelősek a démonok elpusztításáért. Az Ártatlanság néhány szilánkja A Rendnél Allen megtanulja, hogy hogyan használhatja bal szemét a démonok érzékelésére. Azt a feladatot kapja, hogy segítse összegyűjteni az Ártatlanság (イノセンス; Inoszenszu; Hepburn-átírással: Inosensu?; Innocence), egy természetfeletti erővel rendelkező anyag 109 szétszóródott darabját, amik erőt adnak az ördögűzőknek a démonok elpusztításához. A Gróf összehívja a Noékat, akik a bibliai Noé szuperképességekkel rendelkező leszármazottjai, és képesek elpusztítani az Ártatlanságot. Mindkét oldal elkezdi a keresést a Nagy Szív (ハート; Háto; Hepburn-átírással: Hāto?; Heart) után, ami az Ártatlanság legerősebb darabja, és amelyik fél hamarabb megtalálja, azé a győzelem. A keresés alatt a Gróf elkezdi a tábornokok megölését, akik a legerősebb ördögűzők. A tábornokok megvédése érdekében a Rend a főhadiszállásra hívja őket, Allent pedig három társával az eltűnt Cross Marian felkutatására küldi. A történet során Allen és Lenalee Lee többször majdnem meghaltak, de az Ártatlanságuk megmentette őket, amitől a Gróf, a Krónikás és annak tanítványa, Lavi úgy vélik, hogy Allen vagy Lenalee ártatlansága a Nagy Szív. Ezalatt a Rend és Allen is rájön, hogy a 14. Noé, aki elárulta a Grófot, majd az megölte őt, emlékeit Allenbe ültette. Ezért a Rend úgy gondolja, hogy Allen el fogja őket árulni, a Gróf pedig a saját oldalára akarja állítani a fiút.

Amemiya Gorou előző életében egy nőgyógyász volt, aki épp a kedvenc idoljának, Hoshino Ai-nak segített volna a szülésben, mikor váratlanul elhalálozott. Ezt követően hősünk Ai ikreinek fiú tagjaként születik újjá, mint Hoshino Aqua, de miután egy tragédia véget vet az új családja boldogságának, felnővén Aqua színésznek áll, hogy elégtételt vegyen a japán szórakoztatóiparon, amely egyre több, fiatal tehetség életét keseríti meg.

Az irodai dolgozó Leon egy különösen büntető társkereső szimulátoros videojátékban reinkarnálódik, ahol a nők uralkodnak, és csak a szép férfiaknak van helyük az asztalnál. De Leonnak van egy titkos fegyvere: emlékszik mindenre az előző életéből, beleértve annak a játéknak a teljes végigjátszását, amelyben most csapdába esett. Nézd meg, ahogy Leon forradalmat szít, hogy megváltoztassa ezt az új világot, hogy beteljesítse végső vágyát… hogy nyugodt, könnyű életet éljen vidéken!

Egy fiatal fiú eltávolodva él a világtól, azonban egy szép napon találkozik a barátaival, akikkel egy kalandos, nehéz és hosszú útra indulnak, ahol újjászülethet.

A történet középpontjában egy japán ifjúsági labdarúgó csapat áll, amely csapat kapitánya a tehetséges Tsubasa.