10 évvel járunk a Fate/Stay Night eseményei előtt... a 4. Szent Grál Háború lassan kezdetét veszi Fuyuki városában. A Grál hét Mágust választott ki, kik hét Hősi Lelket idézhetnek meg. A feladatuk megszerezni a Szent Grált a többi Hősi Lélek és Mestereik likvidálásával, hogy a Grál teljesíthesse egyetlen vágyukat, kívánságukat. Eddig három háború zárult le eredménytelenül... s most ideje, hogy újra a fegyvereké legyen a szó... Ebben a csatában mérkőzik meg Emiya Kiritsugu, aki ideáljától vezérelve igyekszik mindenkit megmenteni, annak ellenére, hogy foglalkozása szabadúszó merénylő és mágusgyilkos. Ő az Einzbern család képviseletében száll be a harcba Saberrel az oldalán. Ám hamarosan újonnan alapított családja - felesége, Irisviel von Einzbern és lánya Illyasviel von Einzbern - és a kegyetlen harcok közt elkezd őrlődni. Vajon sikerül a számára legveszélyesebbnek minősülő ellenfelet, Kotomine Kireit, az Egyház papját legyőznie?

Az emberiséget egy másik világból származó, mechanikus lények elűzték a Földről. A bolygó visszafoglalására tett végső kísérletként az ellenállás egy android katonákból álló hadsereget küld a megszállók elpusztítására. A történet a 2B, 9S és A2 nevű androidok sorsán keresztül mutatja be a gépek és az androidok háborúját, amely hamarosan leleplezheti a világ rég elfeledett titkát.