Két és fél év telt el azóta, hogy Naruto elhagyta Konoha faluját, hogy Jiraiya mellett folytassa ninjatanulmányait, épp itt az ideje, hogy vissza is térjen. Vele együtt visszatér az Akatsuki szervezete is, nekilátnak világmegváltó tervük megvalósításának, a Bijuu-k begyűjtésének. Konohába segélykérő levél érkezik Homok faluból, hogy az akkor már kazekagévá előlépett Gaara-t elrabolta az Akatsuki. Naruto és társai egyből sietnek megmentésére, valamint a Sasuke utáni hajtóvadászatot is folytatják.

Edamura Makoto állítólag Japán legnagyobb csalója, de túl nagy fába vágja a fejszéjét, amikor megpróbálja átverni Laurent Thierryt, a világklasszis bűnözőt.

Hatori Chise fiatalkora nagy részét nélkülözésben és sorozatos fájdalmak közepette élte, miközben a család és a szeretet fogalma teljesen ismeretlenek voltak számára. Mikor aztán úgy tűnik, hogy az utolsó reménye is elveszett, egy sorsdöntő találkozás mindent megváltoztat körülötte. Hősnőnket ugyanis Elias, egy szörny fejjel és természetfeletti képességekkel rendelkező mágus vásárolja meg a rabszolgapiacon, aki nemcsak hogy felszabadítja Chisét, de előbb a tanítványává is fogadja, majd a menyasszonyává teszi a lányt.

Egy külföldi pénzügyi vállalat dolgozójának története, aki mindig biztosra megy a kockázat-nyereség arányban és van egy listája, aminek a címe: „100 dolog, amit meg kell tenned, hogy ne válj zombivá”.

A legendák szerint létezik egy titokzatos tárgy, amely többszörösére növeli használója erejét; egy tárgy, amelynek segítségével áthághatók a tudomány és természet szabta határok. Egy vérvörösen csillogó kő, amelynek titkát évszázadok óta kutatják az alkímia mesterei: a Bölcsek Köve. Sokan próbálták már létrehozni, de eddig még senki nem járt sikerrel. Most azonban két nagyon fiatal és tehetséges alkimista eredt a nyomába, akiknek célja nem a hatalom vagy a hírnév. Edward és Alphonse Elric egy szörnyű hibát próbálnak helyrehozni, ám tudtukon kívül olyan veszélyes játszmába keverednek, amelyben nem csak a saját sorsuk a tét, hanem több millió ember élete is. A teremtő erőt csak egy hajszál választja el a pusztítótól, a Bölcsek Köve pedig olyan eszköz, amely még jó kezekben is veszélyes lehet. Az Elric testvérek pedig még nem sejtik, miféle teher nyugszik a vállukon.

A világon valaha élt legszabadabb ember kétségkívül nem más, mint Gol D "Gold" Roger vagy ahogyan manapság emlegetik a kalózkirály. A kivégzése napján az összegyűlt tömegből valaki kikiabált és megkérdezte, hogy hova rejtette el a legendás kincsét a One Piece-t. Erre ő így felelt: "A kincseimet akarjátok? Keressétek meg! Mindet egy helyen hagytam." Az emberek, hogy az álmaikat és vágyaikat beteljesítsék elindultak a Grand Line felé. Ezzel elkezdődött a Kalózok Kora.